1、开票主体不同。增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人和部分试点小规模纳税人领购使用;其他小规模纳税人需要使用的，只能通过当地的税务机关代开。增值税普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各类纳税人领购使用。

2、税款是否允许抵扣。增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且是增值税一般纳税人购买方的抵扣凭证。而增值税普通发票除税法规定的经营项目外都不能抵扣。